Jaffna et sa région environnante faisaient partie de la chefferie de Naga Nadu. À l'époque médiévale, le royaume d'Arya Chakravarti a vu le jour au XIIIe siècle. En tant qu'allié de l'Empire Pandyan dans le sud de l'Inde. Les Portugais ont établi la ville de Jaffna en 1621 comme leur centre administratif colonial à partir de 1590. Les marchands portugais et les missionnaires catholiques étaient actifs à Jaffna et le dernier roi du royaume de Jaffna Cankili a été capturé, les Portugais ont déplacé le centre de contrôle politique et militaire à Jaffnapato qui était un petite ville avec un fort, un port, des chapelles catholiques et des bâtiments gouvernementaux. En 1658, les Portugais ont perdu Jaffna au profit des Hollandais et la ville a augmenté en population et en taille. La plupart des temples hindous détruits par les Portugais ont été reconstruits par les Hollandais. Historiquement, les citoyens de Jaffna sont des Tamouls. Jaffna est divisée en 15 divisions du secrétaire divisionnaire et 425 divisions GN avec une population de près de 600 000 habitants et une densité de 569 km2.